Als der Griechische Staat 1830 - nach dem Unabhängigkeitskrieg – gegründet wurde, sah sich die erste Regierung sofort mit den großen Problemen der Wirtschaft, öffentlichen Verwaltung und Bildung konfrontiert. Letztere umfasste auch die Frage nach dem Umgang mit den Altertümern, die durch die Jahrhunderte von Antikenräubern geplündert und zerstört worden waren. Da der staatliche Antikendienst unterbesetzt und nicht in der Lage war, sich ausreichend um die antiken Hinterlassenschaften zu kümmern, gründete am 6. Januar 1837 auf Initiative des wohlhabenden Kaufmannes Konstantinos Belios eine Gruppe von Wissenschaftlern und Politikern die Archäologische Gesellschaft zu Athen mit dem Ziel der Auffindung, des Wiederaufbaus und der Restauration der Griechischen Altertümer.
Die ersten Präsidenten und Sekretäre waren Politiker und Diplomaten, deren Enthusiasmus so groß war, dass es ihnen trotz minimaler Mittel gelang, allein durch Mitgliedschaften und Spenden – ohne jegliche staatliche Hilfe – eine Reihe ambitionierter Projekte wie etwa die Ausgrabung der Akropolis, die Restauration des Parthenon sowie die Ausgrabungen des Dionysostheaters, des Odeons des Herodes Atticus und des Turmes der Winde - alle in Athen - auszuführen.
Bis 1859 befand sich die Gesellschaft in solch prekärer finanzieller Lage, dass ihr Weiterbestehen ständig gefährdet war. In diesem Jahr wurde der hervorragende Wissenschaftler und Epigraphiker Stephanos Kumanoudes ihr erster Sekretär und hatte die Stelle bis 1894 inne. Mit seinem Wissen, Methodik und Energie hauchte er der Gesellschaft neuen Atem ein. Auf seine Initiative hin, wurden groß angelegte Ausgrabungen in Athen (Kerameikos, Akropolis, Hadrians Bibliothek, Stoa des Attalos, Theater des Dionysos, Römische Agora), anderorts in Attika (Rhamnous, Thorikos, Marathon, Eleusis, Amphiaraeion von Oropos, Piräus) sowie in Böotien (Chaironeia, Tanagra, Thespiai), auf der Peloponnes (Mykene, Epidaurus, Lakonien) und den Kykladen unternommen. Unterdessen gründete die Gesellschaft mehrere große Museen in Athen, die später das Archäologische Nationalmuseum bildeten.
Koumanudes’ Nachfolger war Panagiotis Kavvadias, der Generalephoros der Altertümer (1895-1909, 1912-1920), der mit derselben Energie das Werk seines Vorgängers weiterführte, indem er Ausgrabungen in anderen Teilen Griechenlands wie Thessalien, Epirus, Makedonien und den Inseln (Euböa, Korfu, Kefallonia, Lesbos, Samos und den Kykladen) als auch der Eröffnung zahlreicher Museen in Provinzstädten initiierte.
Kavvadias folgten sukzessive drei Universitätsprofessoren als Generalsekretäre, Georgios Oikonomos (1924-1951), Anastasios Orlandos (1951-1979) und Georgios Mylonas (1979-1988). Unter ihnen gelang es der Gesellschaft ihr wissenschaftliches Werk trotz der Schwierigkeiten, die es lange Jahre durch den zweiten Weltkrieg und der Folgezeit beeinträchtigte, weiterzuverfolgen.
Als unabhängiges wissenschaftliches Institut ist es der Archäologischen Gesellschaft auch heute möglich den Staat in seiner Aufgabe des Schutzes, der Förderung und dem Studium der Griechischen Altertümer zu unterstützen. Wann immer von Nöten übernimmt sie die Organisation und Ausführung großer Projekte wie es in den letzten Jahren in Makedonien und Thrakien und früher bei groß angelegten Restaurationsprojekten der Fall war.
Wichtiger Bestandteil des Werkes der Gesellschaft sind ihre Publikationen. Jährlich werden drei Zeitschriften herausgegeben: Die „Praktika tes Archaiologikes Hetaireias“ bieten seit 1837 detaillierte Berichte über die Ausgrabungen und Forschungen, die in ganz Griechenland erfolgen; ebenfalls seit 1837 beinhaltet die „Archaiologike Ephemeris“ synthetische Studien zu den griechischen Altertümern und Grabungspublikationen. „To Ergon tes Archaiologikes Hetaireias“ erscheint seit 1955 jeden Mai, mit einem kurzen Abriss zu ihren Ausgrabungen. Wie die drei oben genannten wird seit 1988 darüber hinaus vom Generalsekretär „ O Mentor“ als Quartalsschrift herausgegeben, deren Inhalt sich in der Hauptsache mit Nachrichten zu den Aktivitäten der Archäologischen Gesellschaft sowie in kurzen Artikeln mit der Geschichte der Griechischen Archäologie und der Griechischen Antike befasst.
Neben den Zeitschriften obliegt ihr die Herausgabe der Reihe „Vivliotheke tes en Athenais Archaiologikes Hetaireias“ (Bibliothek der Archäologischen Gesellschaft zu Athen). Diese Monographien widmen sich archäologischen Themen und der Publikation von Grabungen, vornehmlich von solchen der Gesellschaft.
Die Archäologische Gesellschaft wird von einem elfköpfigen Verwaltungsrat geleitet, der alle drei Jahre von der Generalversammlung ihrer Mitglieder („Hetairoi“) gewählt wird. Jedes Jahr trägt der Generalsekretär des Rates etwa im Mai in einer gesonderten öffentlichen Sitzung den Jahresbericht des Instituts vor.