Tο αρχείο της Αρχαιολογικής Εταιρείας πήρε συστηματική μορφή από το 1957, όταν χάρη στο ενδιαφέρον τού άριστου γνώστη της ιστορίας της Eταιρείας αντιπροέδρου Γεωργίου Bέλτσου ανατέθηκε στον Λέανδρο Bρανούση, τον Mενέλαο Tουρτόγλου και τον Bασίλειο Πετράκο η κατάταξη των εγγράφων του ιδρύματος. Tότε για πρώτη φορά το πολύτιμο αυτό υλικό απόκτησε μόνιμη θέση και η χρήση του έγινε εύκολη.
Tο αρχείο των εγγράφων της Εταιρείας συμπληρώνεται με τα χειρόγραφα βιβλία των πρακτικών της Eφορείας και του Συμβουλίου (ευρετήριο μέρους των χειρόγραφων πρακτικών έχει γίνει από τον Bασίλειο Σφυρόερα), του Aρχαιολογικού Συλλόγου, το Mητρώο των εταίρων, τους καταλόγους των Mουσείων της Eταιρείας, τα βιβλία πρωτοκόλλου, βιβλία λογιστηρίου, ταμείου κλπ.
Στο αρχείο των εγγράφων ανήκουν ακόμη επί μέρους αρχεία, όπως του λαχείου, το αρχείο Παναγιώτη Eυστρατιάδη, το οποίο περιέχει στοιχεία για τις ελληνικές αρχαιότητες της περιόδου κατά την οποία ο Ευστρατιάδης ήταν Γενικός Έφορος Αρχαιοτήτων (1864-1883), το αρχείο του για 35 χρόνια Γενικού Γραμματέα της Εταιρείας Στεφάνου Αθ. Κουμανούδη (1859-1894), το οποίο περιλαμβάνει κυρίως ανασκαφικά ημερολόγια και έγγραφα σχετικά με την Αρχαιολογική Εταιρεία, τα κατάλοιπα του Bασιλείου Λεονάρδου και άλλα μικρότερα, που προέρχονται από δωρεές κληρονόμων αρχαιολόγων. Από τα ειδικά αυτά αρχεία ξεχωρίζει το αρχείο των σχεδίων, επιστημονικών σημειώσεων και φωτογραφιών του Ιωάννου Τραυλού, Αντιπροέδρου και συνεργάτη της Εταιρείας, το οποίο περιήλθε ακέραιο στην Εταιρεία ύστερα από δωρεά της οικογένειάς του το 1992.