Juste après la fondation de l’État Grec en 1830 après la Guerre d'Indépendance en 1821, les premiers gouvernements ont été immédiatement confrontés aux grands problèmes d'économie, d'administration et d'éducation. Ce dernier comportait également les antiquités, pillées et détruites au cours des siècles par des trafiquants d'antiquités. Étant donné que les soins des antiquités de la part du Service des Antiquités de peu de membres d’État étaient insuffisants, un groupe d’érudits et d’hommes politiques a fondé le 6 janvier 1837, à l'initiative d'un riche marchand nommé Constantinos Belios, la Société Archéologique sise à Athènes, visant à la découverte, l’érection et la restauration des antiquités de la Grèce.
Les premiers présidents et secrétaires de la Société étaient des hommes politiques et diplomates. Tout feu tout flamme et sans l’aide de l’État, ils essayaient par les contributions de membres de la Société et les donations de mener à bien un certain nombre de projets ambitieux tels que l'excavation de l'Acropole, la restauration du Parthénon et des fouilles du Théâtre de Dionysos, d'Odéon d'Hérode Atticus et de la Tour des Vents, tous à Athènes.
Jusqu'en 1859, la Société était dans une telle situation financière précaire, qu'il était constamment au bord de l'effondrement. En cette année, le savant distingué et épigraphiste Stephanos Kumanudes était devenu son secrétaire, et occupa ce poste jusqu'en 1894. Grâce à son expertise, son esprit méthodique et son énergie, il a insufflé une nouvelle vie à la société, et à son initiative des fouilles à grande échelle ont été réalisées à Athènes (Kerameikos, Acropolis, Bibliothèque d'Hadrien, Stoa d'Attale, Théâtre de Dionysos, Agora romaine), ailleurs dans l'Attique (Rhamnonte, Thorikos, Marathon, Eleusis, Amphiaraeion, Piraeus) en Béotie (Chéronée, Tanagra, Thespiai), dans le Péloponnèse (Mycènes, Epidaure, Lakonia) et aux Cyclades. Entre-temps, la Société a fondé plusieurs grands musées à Athènes, étant, ensuite, réunis pour former le Musée Archéologique National.
Kumanudes a été remplacé par Panayiotis Kavvadias, lnspecteur Général des Antiquités (1895-1909, 1912-1920), qui a porté sur le travail de son prédécesseur avec une énergie intacte par des fouilles dans d'autres parties de la Grèce, la Thessalie, l’Epire, la Macédoine et les îles (Eubée, Corfou, Céphalonie, Lesbos, Samos et Cyclades), ainsi que l'ouverture de nombreux musées dans les villes de province.
Kavvadias a été remplacé par trois professeurs d'université en qualité de secrétaire, George Oikonomos (1924-1951), Anastasios Orlandos (1951-1979) et George Mylonas (1979-1988). Pendant qu’ils remplissaient les fonctions de secrétaire, la Société a réussi à continuer son œuvre scientifique en dépit des difficultés causées par la Seconde Guerre Mondiale et ses conséquences, ayant entravé ses travaux pendant une période de temps considérable. En tant que Société Savante indépendante, la Société Archéologique est en mesure d'aider l'Etat dans son travail de sauvegarder, révéler et étudier les antiquités grecques. Chaque fois que nécessaire, elle assure la gestion et l'exécution des grands projets: à savoir les fouilles en Macédoine et Thrace au cours des dernières années et les projets de restauration à grande échelle dans le passé. Les publications occupent souvent une bonne partie de l’œuvre de la Société. Elle fait ressortir trois titres annuels: Praktika tes Archaiologikes Hetairias (Procès-verbaux de la Société Archéologique) (depuis 1837), contenant des rapports détaillés sur les fouilles et recherches menées dans toutes les régions de la Grèce; Archaiologike Ephemeris (depuis 1837), contenant des articles sur les antiquités grecques, y compris les rapports de fouilles; et Ergon tes Archaiologikes Hetairias (L’œuvre de la Société Archéologique), (depuis 1955), apparu chaque année en mai contenant de brefs rapports sur ses fouilles. Depuis 1988 trois autres revues sont publiées à la diligence de Secrétaire Général. Mentor est une revue trimestrielle, dont le contenu se compose principalement de courts articles sur la Grèce Antique et l'histoire de l'Archéologie Grecque, ainsi que des nouvelles sur l’œuvre de la Société. Outre les périodiques, il y a la série de livres avec le titre général La Bibliothèque de la Société archéologique d'Athènes: ce sont des monographies sur des sujets archéologiques et des rapports sur les fouilles, principalement celles réalisées par la Société.
La Société est administrée par un Conseil d’Administration composé d’onze membres, élus tous les trois ans par l’Assemblée Générale de ses membres. Chaque année, en mai, le Secrétaire Général du Conseil communique en Séance Publique Spéciale des rapports sur les activités annuelles de la Société.